Karang Makassar, ou Manta Point comme il est plus connu, est le plus grand site de plongée du parc national de Komodo, avec environ 3 km de long sur 400-500 m de large. C'est un site de plongée en dérive peu profond, avec un magnifique récif corallien au sud, des dunes au nord et un fond de corail en décombres entre les deux, parsemé de stations de nettoyage de manta.

Le récif de Makassar, alias Manta Point, est situé dans la zone centrale du parc national de Komodo. Il possède un fond de décombres et est un site de plongée convivial pour les débutants. La profondeur maximale est de 18 m. Ce site est considéré comme une plongée dérivante.

A Mawan ("belle" dans la langue locale), il y a des stations de nettoyage de manta. Ce site est situé dans la partie centrale du parc national de Komodo. La topographie consiste en une pente de sable blanc avec jardin de corail et récif frangeant. C'est un site de plongée adapté aux débutants. La profondeur maximale est de 30 m.

Le plus célèbre "Trou dans le rocher" (de la traduction indonésienne), Batu Bolong est populaire pour accueillir la plus grande variété de vie marine et de corail, mais aussi pour être au cœur de la "Ville des courants".

Le Jardin secret offre des paysages magnifiques pour les amateurs de macro et pour ceux qui recherchent des espèces plus grandes. Avec un récif en pente douce, ce site présente, dans les hauts-fonds, une riche variété de bombes coralliennes, et les coraux mous servent d'hôte à d'énormes bancs de poissons de récif.

Siaba Kecil est situé dans la zone centrale du parc national de Komodo. La topographie se compose de surplombs et d'un jardin de corail. C'est un site de plongée de niveau avancé car les conditions actuelles sont modérées à fortes. Le point culminant de ce site de plongée est le corail mou et le corail dur. La profondeur maximale est de 30 mètres.

Le site de plongée de Siaba Besar est pour la plupart peu profond, protégé des courants de Komodo. Il est composé d'un fond sableux, de magnifiques jardins de coraux durs et d'une pente douce menant à un canal. C'est le site de plongée parfait pour les plongeurs débutants, les amoureux des tortues et pour ceux qui apprécient une plongée facile et relaxante mais néanmoins magnifique.

Le Police Corner est situé dans la zone centrale du parc national de Komodo. La topographie ici comprend d'énormes surplombs. C'est un site de plongée avancé avec un courant moyen à fort. Les points forts sont les magnifiques coraux mous et durs. La profondeur maximale est de 30 m.

Les Trois Soeurs sont trois grands rochers tous reliés entre eux, tous recouverts de coraux, d'éponges bleues, et qui regorgent de vie. Vous plongerez à l'ombre du courant et terminerez la plongée sur les pics qui culminent respectivement à 6, 7 et 8 mètres. Vous aurez peut-être la chance d'apercevoir des rayons qui se croisent au sommet des pinacles.

Tatawa Kecil est situé au centre du parc national de Komodo. Le point culminant de ce site de plongée est le jardin de corail mou et de corail dur. La profondeur maximale est de 30 mètres. Ce site convient aux plongeurs expérimentés car les conditions actuelles peuvent être fortes.