Batu Tiga ตั้งอยู่ในพื้นที่ตอนกลางของอุทยานแห่งชาติโคโมโด ที่นี่เป็น สถานที่ดำน้ำ ระดับสูงเนื่องจากมักจะมี กระแสน้ำ ที่แรง จุดเด่นของการดำน้ำ ได้แก่ ถิ่นที่อยู่อาศัยที่ดีเยี่ยมของปลาขนาดใหญ่ เช่น ปลาซาร์สนโปเลียน ปลาเก๋า ปลาสำลียักษ์ และปลาบาราคูดา ความลึกสูงสุดคือ 35 เมตร

Karang Makassar หรือที่รู้จักกันในชื่อ Manta Point เป็น สถานที่ดำน้ำ ที่ใหญ่ที่สุดในอุทยานแห่งชาติโคโมโด โดยมีความยาวประมาณ 3 กม. กว้าง 400-500 ม. เป็น สถานที่ดำน้ำ ดำน้ำตื้นที่มีแนวปะการังสวยงามทางทิศใต้ เนินทรายทางทิศเหนือ และมีก้นปะการังอยู่ตรงกลาง โดยมีจุดทำความสะอาดราหูกระจัดกระจาย

Secret Garden นำเสนอทิวทัศน์ที่ยอดเยี่ยมสำหรับทั้งผู้ที่ชื่นชอบมาโครและผู้ที่มองหาสายพันธุ์ที่ใหญ่กว่า ด้วยแนวปะการังที่ลาดเอียงเล็กน้อย ใน สถานที่ น้ำตื้นแห่งนี้จึงมีปะการัง Bommies หลากหลายชนิด พร้อมด้วยปะการังอ่อนที่เป็นแหล่งอาศัยของฝูงปลาตามแนวปะการังขนาดใหญ่

Three Sisters คือหินขนาดใหญ่สามก้อนที่เชื่อมต่อถึงกัน ปกคลุมไปด้วยปะการัง ฟองน้ำสีฟ้า และเต็มไปด้วยสิ่งมีชีวิต คุณจะดำน้ำในร่มเงาของ กระแสน้ำ และสิ้นสุดการดำน้ำบนยอดเขาซึ่งมีความสูง 6, 7 และ 8 เมตร ตามลำดับ คุณอาจโชคดีพอที่จะเห็นรังสีตัดผ่านยอดยอดแหลม

พิลลาร์สตีนมีกำแพงอันน่าทึ่ง ว่ายน้ำผ่านที่สวยงาม และปะการังแส้ขนาดมหึมา สถานที่ดำน้ำ แห่งนี้ไม่มีที่กำบังจากการบวมของมหาสมุทรอินเดีย ดังนั้นจึงคาดว่าจะเกิดคลื่นขึ้น เมื่อคลื่นสงบแล้ว คุณจะได้เห็นสัตว์มาโครที่น่าทึ่งตั้งแต่แอปเปิ้ลทะเลไปจนถึงกุ้งคู่ปะการัง

Batu Bolong คือ สถานที่ดำน้ำ ระดับโลก เหมาะสำหรับ นักดำน้ำ ขั้นสูงและ/หรือมีประสบการณ์เนื่องจาก กระแสน้ำ ที่แรง บาตูโบลองมีฝูงปลาขนาดใหญ่ ปลาทะเลหลายชนิด และฉลามหลากหลายชนิดในส่วนลึกของการดำน้ำ

Mawan เป็นเกาะเล็กๆ ที่มีหาดทรายขาวและน้ำทะเลสีฟ้าครามในใจกลางอุทยานแห่งชาติ Komodo ที่นี่สร้างความประหลาดใจมากมายให้กับ นักดำน้ำ โดยมีทั้งผู้อยู่อาศัยจำนวนมากและสิ่งมีชีวิตทางทะเลขนาดมหึมา มะวันยังเป็นสถานีทำความสะอาดตั๊กแตนตำข้าวอีกด้วย นักดำน้ำ และนักดำน้ำตื้นสามารถเพลิดเพลินกับการชมสิ่งเหล่านี้ได้

Makasar Reef หรือที่เรียกว่า Karang Makasar หรือ Manta Point เป็นหนึ่งใน สถานที่ ที่พบปะชมกระเบนราหูที่ดีที่สุด นักดำน้ำ และนักดำน้ำตื้นมือใหม่สามารถสำรวจจุดดำน้ำแห่งนี้ได้ โดยให้การดำน้ำแบบดริฟท์แบบนุ่มนวลที่ระดับความลึก 10-15 ม. คุณสามารถดำน้ำที่ Manta Point ได้ตลอดทั้งปี

Golden Passage ตั้งอยู่ทางตอนเหนือของอุทยานแห่งชาติโคโมโด เป็น สถานที่ ลาดเอียงมีความลึกสูงสุด 25 เมตร สถานที่ ที่เหมาะสมสำหรับ นักดำน้ำ ที่มีประสบการณ์ เนื่องจากสภาวะ กระแสน้ำ โดยทั่วไปมีความแข็งแกร่ง

Tatawa Kecil is another great dive site in central Komodo National Park for those who love and know currents. As currents can be very strong, this dive spot is for experienced divers only. This spot offers great visibility, pelagic fish, small creatures, and a beautiful coral reef.