Situé sur le côté ouest du Manta Bowl, le Tuna Alley commence à une profondeur de 18 mètres avec des corniches qui descendent progressivement jusqu'à 25 mètres. Ce site doit son nom aux immenses bancs de thons skip jack qui s'y rendent.

Le Bobby's Wall se trouve dans la partie nord de l'île de San Miguel. C'est un mélange de pente sableuse, de corniches, de mur de récif, de pente raide, de formations rocheuses, et de paroi abrupte avec des cavernes et des surplombs.

Aussi appelé Lighthouse Cove, ce site est situé au nord de l'île de San Miguel. C'est une caverne dont la moitié de la formation est immergée dans l'eau tandis que l'autre moitié se trouve au-dessus de la surface et abrite de nombreuses chauves-souris et martinets.

Ce site abrite un navire de marchandises et de passagers de 100 m de long qui a chaviré lors d'un typhon en octobre 1988. C'est un excellent site de plongée sur épave de Malapascua et l'endroit idéal pour obtenir votre certification de spécialité de plongée sur épave.

L'île de Gato est une réserve marine bien préservée et un sanctuaire de serpents de mer. C'est l'un des cinq célèbres sites de plongée de l'île. Le site est un tunnel où l'on peut faire un tour sous l'île. Ce site est idéal pour les plongeurs plus expérimentés/

À 10 minutes du port de Malapascua, du côté nord, un pinacle rocheux profond parfait pour les plongeurs experts qui recherchent un courant intermédiaire à fort lors des changements de marée, en descendant jusqu'au sommet du pinacle à 14 m jusqu'à la partie la plus profonde à 34 m.

Un site de plongée intéressant avec une pente récifale à 12m, rejoignant un mini mur à 20m et se transformant progressivement en un jardin de corail se rétrécissant jusqu'à 30m. L'amarrage est placé au milieu du récif, créant ainsi deux sites de plongée distincts. Des coraux mous, des gorgones et des éponges recouvrent l'ensemble du site.

C'est un site de plongée avancée qui descend jusqu'à 28 mètres. Cette plongée murale a une profondeur moyenne de 12 à 14 mètres. C'est une bonne plongée pour les plongeurs de boue et la photographie macro.

Le site de plongée Lapus Shallow est un site idéal pour la formation à la plongée. Il s'agit d'une pente sablonneuse avec quelques formations rocheuses. La plupart du temps, il y a un léger courant, sauf à marée haute étale.

Lapus II se trouve juste à côté de LapusLapus et commence par une pente récifale à 12m qui se transforme en un petit mur. Le fond ici est à environ 20m de profondeur et le fond sablonneux avec beaucoup de coraux noirs et de gorgones descend jusqu'à une profondeur maximale de 30m.