Prolongé par le rivage peu profond de Long Beach, Batu Nisan Laut est une pente rocheuse qui s'étend jusqu'à 10 m, avant de faire la transition avec un fond sablonneux. C'est un site de plongée relativement facile pour les élèves comme pour les plongeurs, qui peuvent ainsi mettre en pratique leurs compétences et leur maîtrise de la flottabilité.

Batu Nisan est une plongée facile dans une zone protégée au large de la bordure nord de la longue plage. Le site de plongée offre une eau calme et claire avec un fond sablonneux, ce qui est parfait pour les apprenants comme pour les plongeurs, qui peuvent ainsi mettre en pratique leurs compétences et le contrôle de leur flottabilité. Le site offre également une plongée de nuit décente avec un accès facile au rivage.

Teluk Kerma est séparé en Kerma Darat, et Kerma Laut, qui signifient respectivement Kerma par la terre, et Kerma par la mer. Le site doit son nom à la plage du même nom. Le site est un récif peu profond qui s'étend jusqu'à 15 mètres. Le site est une combinaison de rochers et de coraux.

La Sand Ray Alley offre une multitude de raies sous-marines. Les affleurements rocheux s'étendent sur 10 mètres sous l'eau, là où commence le fond sableux. Entre les rochers et le fond sableux, une multitude d'espèces de raies vivent et prospèrent. Méfiez-vous toutefois de la présence occasionnelle de poissons-balistes.

D'lagoon est un récif qui surplombe le moulin à vent de Perhentian. Bénéficiant d'une eau claire et d'un récif peu profond et majestueux, il est l'incarnation même de la beauté. D'lagoon est situé dans une baie, ce qui le protège également du vent et du courant. Le récif part du rivage jusqu'à 12 m de profondeur, où il se transforme en un fond sablonneux.

Batu Layar, ou traduit par Rocher de la Voile, est un récif de corail dur composé de coraux staghorn et de coraux table massifs. Le récif corallien s'étend jusqu'à 18 m et se transforme en un fond sablonneux. Batu Layar est considéré comme l'un des meilleurs sites de plongée de Perhentian, avec une bonne visibilité constante.

Romantic Beach est un site de plongée bien adapté à la formation des débutants. À l'abri du courant longshore de la baie, le récif part du rivage et s'étend jusqu'en bas au sud dans une pente récifale.

Le récif de Panglima Abu se trouve au large de la plage du même nom. Il se trouve au large du nord-ouest de Pulau Perhentian Kecil. Le site s'étend depuis le rivage et se compose d'un mélange de plaques de coraux durs et mous. C'est un bon spot de plongée en période de pré et post mousson, car il est abrité du vent d'est.

Au nord-ouest de Tanjung Basi se trouve Batu Berendam, l'un des sites de plongée les plus profonds de Perhentian. Atteignant facilement plus de 30 m de profondeur, le site est constitué d'un amas de blocs massifs, dont le point le plus élevé se situe entre 15 et 18 m. Le courant peut être fort et les thermoclines sont très présentes.

Tiga Ruang doit son nom à la plage du même nom. Tiga Ruang possède un fond sablonneux qui se prolonge en eau profonde. Sur les parties peu profondes, il y a des îlots de coraux tout autour. Ce site de plongée convient aussi bien aux tuba qu'aux débutants.