Karang Makassar, atau yang lebih dikenal dengan nama Manta Point, adalah tempat menyelam terbesar di Taman Nasional Komodo dengan panjang sekitar 3km dan lebar 400-500m. Tempat ini merupakan lokasi penyelaman dangkal dengan terumbu karang yang indah di sebelah selatan, bukit-bukit pasir di sebelah utara, dan reruntuhan karang di antara keduanya, yang tersebar di beberapa tempat pembersihan manta.

Salah satu tempat menyelam kelas dunia. Cocok untuk penyelam tingkat lanjut dan/atau berpengalaman, karena arusnya yang kuat, Batu Bolong menawarkan beberapa kawanan ikan yang besar, banyak ikan pelagis dan berbagai jenis hiu di kedalamannya.

Di Mawan ("indah" dalam bahasa lokal) terdapat stasiun pembersihan manta. Lokasi ini terletak di bagian tengah Taman Nasional Komodo. Topografinya terdiri dari lereng berpasir putih dengan taman karang dan terumbu karang tepi. Ini adalah lokasi penyelaman yang ramah untuk pemula. Kedalaman maksimum adalah 30 m.

Batu Tiga terletak di kawasan tengah Taman Nasional Komodo. Ini adalah lokasi penyelaman tingkat lanjut karena biasanya arusnya kuat. Sorotan dari penyelaman ini mencakup habitat yang sangat baik untuk ikan besar seperti napoleon wrasse, kerapu, ikan selar raksasa, dan barakuda. Kedalaman maksimum adalah 35 meter.

Tatawa Kecil terletak di pusat Taman Nasional Komodo. Daya tarik utama dari lokasi penyelaman ini adalah taman karang yang terdiri dari karang lunak dan karang keras. Kedalaman maksimum 30 meter. Situs ini cocok untuk penyelam berpengalaman karena kondisi arus yang kuat.

Siaba Kecil terletak di area tengah Taman Nasional Komodo. Topografinya terdiri dari hamparan karang dan taman karang. Ini adalah lokasi penyelaman tingkat lanjut karena kondisi saat ini sedang hingga kuat. Daya tarik utama dari lokasi penyelaman ini adalah karang lunak dan karang keras. Kedalaman maksimum adalah 30 meter.

Siaba Besar juga disebut Kota Penyu dan terletak di daerah pusat Taman Nasional Komodo. Tempat ini merupakan lokasi penyelaman yang umumnya ramah bagi pemula dengan gunung-gunung karang, terumbu karang, dan area dasar berpasir.

Tatawa Besar terkadang diklasifikasikan sebagai lokasi penyelaman drift, namun menawarkan penyelaman yang mudah di perairan dangkal. Arusnya bisa ringan hingga sedang. Tempat menyelam ini menawarkan terumbu karang yang berwarna-warni dengan kehidupan yang sangat baik dan banyak karang. Kedalaman maksimum adalah 30 meter.

Golden Passage terletak di daerah utara Taman Nasional Komodo. Ini adalah lokasi yang landai dengan kedalaman maksimal 25 meter. Tempat yang cocok untuk penyelam berpengalaman karena kondisi arus umumnya kuat.

Toko China terletak di daerah utara Taman Nasional Komodo. Topografinya yang landai, menjadikannya tempat menyelam yang mudah. Semua level penyelam dapat menyelam di sini karena kondisi saat ini tidak terlalu berbahaya. Kedalaman maksimum adalah 20 meter.